В соответствии с приказом руководителя Федерального агенства воздушного транспорта (ФАВТ) Г. Курзенкова от 28.10.2008 года № 446 «Об утверждении изменений в Устав ФГУП «Аэропорт Южно‐Сахалинск» внесены следующие изменения в Устав, касающиеся руководителя предприятия: «Предприятие возглавляет Директор, который является единоличным исполнительным органом унитарного предприятия».
В соответствии с приказом ФАВТ от 01 ноября 2008 года № 463 «О руководителе федерального государственного унитарного предприятия «Аэропорт Южно‐Сахалинск» к исполнению обязанностей Директора приступил Самойлов Антон Павлович.