31 июля 2006 года приказом Федерального Агентства Воздушного Транспорта (Росавиации) был уволен генеральный директор ФГУП «Аэропорт Южно-Сахалинск» Бочаров В.Г., восстановленный в этой должности накануне по решению Савёловского районного суда города Москвы. Уволен он был по пункту 2 статьи 278 Трудового кодекса РФ в связи с принятием уполномоченным собственником лицом решения о досрочном прекращении трудового договора, на основании решения аттестационной комиссии при Минтрансе. Об этом г-ну Бочарову было сообщено представителем Росавиации 1 августа, когда он после исполнения решения суда судебными приставами-исполнителями был восстановлен в должности. С 1 августа 2006 года приказом ФАВТа исполняющим обязанности генерального директора ФГУП «Аэропорт Южно-Сахалинск» назначен Сергей Гоев. На сегодняшний день он является единственным легитимным руководителем предприятия и гарантирует его стабильную работу и обеспечение безопасности полетов.